「わたくし、上条当麻は不幸に愛されているとしか思えない青春を送っているのだった」現在、外伝である「とある科学の超電磁砲Ｓ」がいい感じに「禁書目録」と交差していて「おおう、ミッシング・リンクが繋がっていくぅ！」状態なので、正編から見た接点のおさらいを。
舞台は学園都市（設定詳細は「とある科学の超電磁砲」2013年6月24日参照）。
レベル０の無能力者でありながら、その右手には触れた異能の力を打ち消す「幻想殺し（イマジン・ブレイカー）」を宿す男・上条当麻が主人公。
右手が神の加護さえも打ち消してしまうため、ありとあらゆる不幸がその身に（口癖は「不幸だぁ！」）。
ある日、当麻のマンションのベランダに（布団を干すように）引っかかっていた（行き倒れていた）シスター姿の少女。名前はインデックス。
その脳内には十万三千冊の魔道書（エイボンの書とか死者の書とか）が。
木の葉から雨粒の１滴１滴の形まで見たものを記録できる（そして忘れる事が出来ない）完全記憶能力保持者。
脳のスペックの大半を魔道書の保管に使用してしまうので、年に１度、記憶を消去して“記憶の空き容量”を確保しなければならない…って事だったのですが、これはインデックスの裏切りを恐れた英国清教の詭弁。
当麻が魔術師によるインデックス記憶消去の儀式を妨害し、インデックスを救出しようとした際、インデックスの防御形態である自動書記（ヨハネのペン）が発動。
インデックスは直径1ｍの光の柱（ぶっといレーザー光線）「竜王の殺息（ドラゴンブレス）」を発射（大気圏外まで届いた光は衛星軌道上の「樹形図の設計者（ツリーダイヤグラム）」を一撃で破壊）。
幻想殺しの右手がインデックスの記憶を守ったものの、殺息の攻撃後に降って来る光の羽に触れたために当麻の脳の一部が完全破壊。思い出を司るエピソード記憶が物理的に消失。
しかし、記憶喪失の事実は誰にも告げず、以後、上条当麻を演じる事に（記憶喪失の事を知っているのはカエル顔の医師、冥土帰し－ヘヴン・キャンセラー－のみ）。
「超電磁砲Ｓ」から観始めた人は、「♯11自動販売機」で何故上条が御坂に反応しないのか、「♯12樹形図の設計者」で何故ツリーダイヤグラムが消失しているのか分からなかったかと思いますが、このエピソードを踏まえてのものでした。
この後、物語は御坂を巻き込んで（いや、上条が御坂に巻き込まれて）、学園都市最強のレベル５・アクセラレータ対学園都市最弱のレベル０・上条当麻の戦いに雪崩れ込んで行きます。
